Конфуций принадлежал к старинному аристократическому роду, начало которому было положено династией Инь (Шан), правившей в Китае до XI в. до н. э. Считается, что его дальним предком был сунский правитель по имени Кун, который претерпел немало жизненных испытаний и погиб в результате дворцовых интриг. Спасшиеся члены его клана бежали в царство Лу (современная провинция Шаньдун в Восточном Китае), где и родился мальчик, вошедший в историю как Кун Фу-цзы, что означало «Учитель Кун». На Западе это имя приобрело латинизированное звучание Конфуций и с тех пор стало общеупотребительным.
Отец Конфуция, Шу Лянхэ, был храбрым солдатом, ставшим позже комендантом крепости Цзоу. Легенда изображает его человеком огромного роста и необычайной силы, славным в боях и неутомимым в службе. К концу жизни у него было аж восемь дочерей, что делало его очень несчастным. Китайцы очень трепетно относятся к наследникам, и до сих пор случается, что в отдаленных деревнях новорожденных девочек потихоньку топят в колодцах, дабы высвободить «квоту» на мальчика. На восьмом десятке лет Шу Лянхэ нужен был достойный продолжатель древнего аристократического рода.
Девятым ребенком военачальника оказался долгожданный сын, но он был очень слаб от рождения, имел увечную ногу, и отец не решался оставить его своим наследником. Поэтому когда его новая (третья) жена забеременела, Шу Лянхэ поспешил совершить богослужение в священном глиняном гроте. В этом же гроте 28 сентября 551 г. до н. э. и родился будущий основатель одного из самых многочисленных философских течений. Счастливый отец назвал его Цю (в переводе с китайского — «холм») и дал прозвище Чжун Ни (Чжун — второй из братьев, Ни — глина). Ребенок унаследовал родовое имя Кун и был известен позднее как Кун Цю или Чжун Ни. Когда мальчику было чуть больше двух лет, скончался отец. Старшие жены Шу Лянхэ ненавидели молодую мать наследника и не скрывали этого, поэтому ей вместе с сыном пришлось вернуться в свой родной город.
Однако родители не согласились принять ее в дом, который она опозорила, выйдя замуж раньше двух старших сестер да еще за человека намного старше ее. Мать с маленьким сыном была вынуждена поселиться отдельно от всех.