По сути, Декарт ввел в философию идею абсолютной противоположности духа и тела, что затем было названо дуализмом. Как указывали критики, введя также понятие Бога, философ отказался от его познания, видя в нем нечто предполагаемое, но не понятое.
В Голландии Декарт прожил более 20 лет. Здесь были созданы и опубликованы все его основные произведения, среди которых знаменитые «Правила для руководства ума». В течение долгого времени ученый работал над большим конкретно-научным (и вместе с тем философским) трудом, который собирался назвать «Мир». На основе сложившихся у него принципов механики Декарт задумал нарисовать в своем произведении картину всего мироздания. Летом 1633 г., когда работа была почти завершена, Рене узнал о том, что инквизиция наказала Галилея за опубликованное в 1632 г. сочинение «Диалог о двух главнейших системах мира — Птолемеевой и Коперниковой». Сдержанный и осторожный по натуре философ отказался от публикации своего произведения, написанного на основе тех же принципов, что и труд Галилея. Хотя конечно же у Декарта была возможность изменить «Мир», подкорректировав ряд принципиальных моментов, он предпочел не грешить против истины и отложил издание сочинения до лучших времен.
Оправившись от потрясения, Декарт продолжил разработку своей методологии, физики, философии. Итогом напряженной работы стало «Рассуждение о методе…», написанное по-французски и опубликованное в 1637 г. Это произведение представляет собой программный документ, в котором автор сформулировал как все основные вопросы своей философии, так и результаты своих естественнонаучных исследований. Труд разделен на несколько глав. В «философском» разделе Декарт высказал свои взгляды на государство и общество. Ученый выразил неприязнь к тем заносчивым, по его мнению, людям, которые видят смысл своей жизни в различных общественных преобразованиях и ниспровержении существующего государственного строя. Философ считал, что намного умнее учиться приспосабливаться к недостаткам государственного организма, чем стремиться его разрушить, ибо эти разрушения угрожают людям огромными бедствиями. Таким образом, ученый подчеркнул необходимость постепенных продуманных государственных преобразований без революций и гражданских войн. Огромное внимание уделял Декарт и положению науки в государстве, подчеркивая ее социальную природу и жизненную необходимость для общества. Он неоднократно высказывал мысль об обязанности правителей финансировать сложные эксперименты, без которых невозможны новые научные открытия (французское правительство в признание заслуг Декарта назначило ему пенсию, хотя ученый так ее и не получил).