Безусловно, у Декарта были и «идейные враги». Рост популярности и влияния картезианства в голландских университетах весьма беспокоил местных церковников, которые подвергали ученого бесконечным нападкам и обвинениям. При всей своей осторожности Декарт не имел возможности уклониться от борьбы и принял вызов. В годы этой полемики он издал в Амстердаме «Начала философии» — систематическое изложение своей философской доктрины, включавшей наряду с методологией и метафизикой все разделы физики — учение о телах, о мире и о земле.
В 1645—1648 гг. Декарт работал над сочинением «Описание человеческого тела. Об образовании животного», которое так и не было опубликовано при жизни автора. В этом труде ученый сделал попытку применить принципы своей физики к объяснению животного и человеческого организмов. Антропологическая проблематика, в ракурсе которой и было проведено исследование телесных качеств и духовных свойств человека, составила содержание трактата «Страсти души», вышедшего в свет в Голландии в конце 1649 г.
Среди последователей Декарта были не только известные ученые и мыслители того времени, но и некоторые богатые и знатные люди. Так, графиня Елизавета Пфальцская, племянница английского короля Якова I Стюарта, о которой сам Г. В. Лейбниц сказал, что она «столь же высока умом, сколь и рождением», стала ближайшей ученицей Декарта и первой насадила семена картезианской философии в Берлине и Гейдельберге.
К сожалению, внимание другой ученой дамы той эпохи, королевы Швеции Христины, оказалось для ученого гибельным. В 1645 г. он по приглашению августейшей особы прибыл в Стокгольм, чтобы основать Шведскую академию наук. Кроме того, Декарт помогал королеве овладевать основами картезианства. На редкость усердная ученица, Христина могла брать уроки только ранним утром. Ежедневно к пяти утра Декарт отправлялся во дворец. Зимы 1645—1650 гг. выдались суровыми, и философ, всю жизнь привыкший подолгу нежиться в постели и находиться в тепле, простудился. После непродолжительной болезни он скончался от воспаления легких 11 февраля 1650 г.
Наследие Рене Декарта очень велико. У него и сегодня есть чему поучиться. Он был магом теорий и гипотез, философом, избравшим нехоженые дороги, больше похожие на тропинки. Его интуиция была поразительна, а мужество — достойно восхищения. Ибо как может не восхищать человек, однажды сказавший: «Дайте мне материю и движение, и я построю вам из этого Вселенную».