Поздней осенью 1455 г. Фуст начал судебный процесс против Гутенберга, потребовав возврата не только своих капиталовложений, но и процентов. Тяжбу эту он выиграл, и хотя решение суда до нас не дошло, скорее всего, Иоганн Гутенберг был вынужден отдать бывшему партнеру и свой печатный станок, и весь подготовленный к печати набор 42-строчной Библии. Именно этим можно объяснить тот факт, что Библия, часто называемая также Библией Гутенберга, была на самом деле выпущена Иоганном Фустом совместно с Петером Шеффером с наборных досок, которые подготовил Гутенберг. К сожалению, выходных данных эта книга не имеет и потому неизвестно, когда именно она была выпущена. Древнейшей печатной книгой, на которой указаны дата и имена типографов, является роскошная крупноформатная Псалтырь, выпущенная в свет в Майнце Петером Шеффером и Иоганном Фустом 14 августа 1457 г. Имя действительного изобретателя книгопечатания Иоганна Гутенберга здесь не упоминается. Петер Шеффер — один из первых и, вероятно, любимых учеников Гутенберга, ставший впоследствии одним из крупнейших типографов XV в., — в трудный час предал своего учителя.
Существуют различные, чаще всего исключающие друг друга версии относительно судьбы Иоганна Гутенберга после процесса 1455 г. По мнению одних исследователей, типограф оказался полностью разорен и уже до конца своих дней ничего не печатал. Сторонники традиционной версии о моральном и финансовом крахе Иоганна Гутенберга в качестве доказательства своей правоты приводят тот факт, что ни на одном из первопечатных изданий нет имени изобретателя. Другие исследователи полагают, что изобретатель, потеряв право на тираж 42-строчной Библии, а также на устроенное совместно с Иоганном Фустом предприятие, сумел при этом сохранить сравнительно небольшую собственную мастерскую, где и продолжал работать. Он сохранил свой первый шрифт, которым в 1456—1459 гг. печатал учебники и календари, а приблизительно в 1459—1461 гг. новой отливкой этого шрифта напечатал 36-строчную Библию. Типографская и издательская деятельность Гутенберга в этот период, видимо, не была такой активной, как раньше. Возможно, на ней сказывался возраст, по тем временам вполне солидный: мастеру было уже за шестьдесят. Старшина гильдии Конрад Гумери был одним из немногих, кто помог постаревшему книгопечатнику в это тяжелое для него время. Он не только оказал Гутенбергу духовную поддержку, но и предоставил ему необходимый инструмент для работы, а также сделал все возможное, чтобы книгопечатник смог добиться запрета на использование при его жизни изобретенного им шрифта другими типографами.