Помимо блестящего владения маркетинговыми технологиями, Гейтс обладал гениальным предвидением того, в каком направлении будет развиваться вычислительная техника. Он всегда считал, что компьютеры должны быть дружественнее к потребителям и приносить больше пользы в повседневной жизни людей. Поэтому он поставил перед собой задачу — создать операционную систему с графическим интерфейсом. Данный проект оказался самым трудным и долгим в истории Microsoft и завершился ошеломляющим успехом только благодаря настойчивости его автора.
В ноябре 1983 г. Гейтс официально заявил в Нью-Йорке о Windows, «графическом пользовательском интерфейсе для DOS». Однако, хотя сотрудники Microsoft и вспоминают теперь, что «над Windows мы работали как лошади», работа шла с большими задержками, связанными с организационными проблемами. Гейтс мог бы работать эффективнее, если бы ограничил круг своей деятельности. Во второй половине 1984 г. было принято решение реорганизовать деятельность компании, разделив ее на два основных направления: создание операционных систем и разработку коммерческих прикладных программ.
Задержки с выпуском Windows беспокоили Гейтса все больше и больше. На эту работу было брошено 30 специалистов. Они трудились круглые сутки, добиваясь того, чтобы программа была меньшей по размеру, но обладала большим быстродействием. В целом на создание первой версии Windows, появившейся в ноябре 1985 г., было затрачено 110 тыс. человеко-часов рабочего времени. Названная «Win-dows», что в переводе означает «Окна», она в прямом и переносном смысле открыла перед пользователями широкие окна в необъятный компьютерный мир, значительно расширив возможности для работы с различной информацией.