Галилей сознавал свою трагедию, которая состояла не в том, что он стал «жертвой произвола», а в том, что он жил в мире, где его «на законном основании могут преследовать и мучить за издание книги, которая составляет славу Италии, мучить за его всепоглощающее стремление к научной истине, которая для него столь желанна, что даже подавляет страх перед инквизицией».
Осудив Галилея, инквизиция сделала все, чтобы отравить и последние годы его жизни. Он, ученый с мировым именем, гордость Италии, жил под домашним арестом. Однако научную деятельность Галилей не прекратил — даже окончательно потеряв зрение, он продолжал работать. В это время ученый завершил труд «Беседы и математические доказательства, касающиеся двух новых отраслей науки», в котором подвел итог своим исследованиям в области динамики. До конца жизни Галилей считался «узником инквизиции» и принужден был жить на своей вилле Арчетри близ Флоренции, где и умер 8 января 1642 г. В 1737 г. была исполнена последняя воля ученого — его прах перенесли во Флоренцию в церковь Санта-Кроче, где он был погребен рядом с Микеланджело.
После смерти Галилея, несмотря на официальный запрет, учение Коперника продолжало распространяться, а в начале XIX в., с ростом точности астрономических наблюдений, были получены прямые доказательства движения Земли. Это позволило Ватикану отменить свой декрет о запрете коперниковското учения. Галилей же при этом продолжал формально оставаться еретиком. И только 3 июля 1981 г. по указанию папы Иоанна Павла П была создана понтификальная комиссия, состоявшая из видных ученых, юристов и богословов. После 11 лет работы члены этой комиссии пришли к выводу о том, что Галилей, предлагавший отказаться от буквального толкования Библии при обсуждении новых явлений и научных теорий, был прав. Тем самым 31 октября 1992 г. папа Иоанн Павел II объявил решение суда инквизиции ошибочным и реабилитировал Галилея. Он не только вернул ученому «право быть законным сыном церкви», но и публично принес ему извинения.
Выяснилось также, что в течение девяти лет, до самой своей кончины, Галилей направлял послания Римскому Папе, опровергая приписываемое ему безбожие. Галилео Галилей пробыл в опале 359 лет, 4 месяца и 10 дней. Замечательный физик, механик, продолжатель дела Коперника, мужественный борец за науку против религиозного суеверия и невежества — таков был этот великий ученый. Его бессмертное имя занесено на карту Луны и Марса.